カテゴリーは大雑把にして、各エントリーにタグを設定します。

自作のテンプレートはタグに対応してないので、デフォルトのテンプレートに戻しました。

Movable Type 3.3 マニュアル - エントリー・タグを活用したテンプレートのカスタマイズ