どうもリンクです。
この改造と、全く同一の改造を当方でもしました。
当方の目的は、常時取り外さないUSB機器を、PC内部に封じ込める事でした。
例えば無線LANのレシーバ、Bluetoothのレシーバ、ReadyBoostに使う高速USBメモリ等です。
こういう物は部品が壊れた時や、大規模な改修を行なう時以外は抜く必要はありません。
当方のマザーボードには、フロントパネル用のUSBヘッダが2組(4つ分)あります。
このうち1組はケース前面のUSBポートが取りました。
残った1組も有効活用をすべきです。
まずはヘッダピンをUSBポートにその場で小さな基板で変換しました。
そのうちの1ポートは無線LANのレシーバが取りました。
こいつはUSBハブに非対応だとマニュアルに書いてあったからです。
残りの1ポートは前述の小型USBハブに繋ぎ、ケースの適当な所に固定しました。
ここにReadyBoostに使うUSBメモリと、Bluetoothのレシーバを取り付けました。

問題がこのハブの電源なんですが、あなたと同様にダイオードの取り付けを一度忘れました。
その結果、5VSBが主電源がオンの間、5Vに逆流してしまい、シャットダウンしているのに、電源ランプとATAアクセスランプが付きっぱなしという怪現象に見舞われました。
最初は原因に気付きませんでしたが、USBハブの電源コネクタを抜くと消灯したので、原因が逆流である事に気付きました。
自分は一つ次の項目に出てくる改造のうち、あなたが採用を見送った方、つまりはショットキーバリアダイオードを採用しました。
未だ大電流機器は試していませんが、少なくともさっき記載した機器は二つとも正常に認識されている様です。
デバイスマネージャにもちゃんと問題のハブを含め、全てのUSB機器が確認出来ました。
デスクトップの癖に、ノートパソコン並の御膳立てのきいたものが出来ました。
パッと見、外付けに見えないから個人的にかっこいいと思っています。
後、ハブには2ポート残っていますが、将来的には3.5インチカードリーダーか、Bluetoothではない無線のキーボードやマウスを使った時に、このなんちゃって内蔵USBを使おうかなと考えています。